עיצוב אתרים באופן נכון ובולט יכול לסייע רבות לחוויית הגלישה של המשתמשים באתר, לקידום האתר במנועי החיפוש ולנראות האתר ברשת האינטרנט. עיצוב נכון של אתר אינטרנט טומן בחובו יתרונות רבים לבעלי האתר שיכולים לשלוט בקונספט של האתר ולהשתמש בו לייצוג הרעיונות המרכזיים של הגורם העומד מאחורי האתר ומטרותיו. בעת תהליך עיצוב אתרים ניתן להגדיר את סוג האתר, המטרות והיעדים שלו, קהל היעד אליו הוא פונה ועוד.
בעת תהליך עיצוב אתרים נדרש המעצב של האתר להתייחס להיבטים רבים מבחינה ויזואלית של האתר כמו העיצוב הוויזואלי של האתר, הצבעים שירכיבו את האתר, הלוגו של החברה או בית העסק שהאתר מייצג, תוכן האתר ומבנה האתר. למרות שנהוג לחשוב שתפקידיו של מעצב אתרים הוא להחליט לגבי הפרטים הוויזואליים בלבד, אחד התפקידים החשובים והתרומה הגדולה של עיצוב אתרים הוא ביכולת להתאים את מבנה האתר לסוג של האתר, למטרותיו ולחזות הכללית שלו.
המקור הראשוני לבניית מבנה האתר הוא בעיצוב של הדף הראשי של האתר. הדף הראשי ישפיע על המשך בניית הדפים הפנימיים של האתר ויכתיב את המבנה הכללי שלהם. באמצעות הדף הראשי באתר ניתן להכתיב את הפעולות השונות הניתנות לביצוע באתר ולכוון את המשתמש אליהן באמצעות קישורים או גירויים שונים. מכיוון שהדף הראשי הוא הדף הראשון בו נתקל המשתמש עם השימוש באתר, חשוב ביותר לשים דגש על עיצוב נכון של הדף הראשי בעת התהליך של עיצוב אתרים.
החשיבות של התייחסות למבנה האתר בתהליך עיצוב אתרים גבוהה במיוחד בהקשר של קידום אתר האינטרנט במנועי החיפוש השונים. אתר הבנוי ממספר רב של דפים אשר נכנסים לעומק וגורם למשתמש להקליק על מספר גדול מאוד של קישורים על מנת להגיע אל הדפים הרלוונטיים יצליח פחות להיות מקודם במנועי החיפוש אשר מעדיפים אתרים בעלי מספר קישורים קטן לצורך ניווט בדפי האתר השונים.
גורם משפיע נוסף על מנועי החיפוש הוא המבנה הפיזי של האתר. ככל שמספר הרמות בהן נמצאים הדפים השונים של האתר קטן יותר, כך הרלוונטיות של האתר במנועי החיפוש תגדל והם יוכלו לאתר בקלות יותר את החיפושים של המשתמשים באתר ולהציגו כרלוונטי בתוצאות החיפוש של השאילתה.
בין אם עיצוב אתרים נעשה לצורך עיצוב של אתר תדמיתי או לצורך עיצוב של אתר מסחרי, חשיבות המבנה של האתר למטרותיו הוא גדול. באמצעות מבנה נכון הכולל אלמנטים שונים ניתן לגרום למשתמש להגשים את המטרות השיווקיות של האתר בקלות. למשל, אתר אינטרנט מסחרי הבנוי באופן המאפשר הנעה לפעולה הצמודה לקטגוריית פעולה מסוימת יהיה אפקטיבי ויגשים את מטרות האתר על ידי עידוד המשתמש לביצוע פעולה באתר.
לעומת זאת, גם אם האתר מושקע מאוד מבחינת עיצובו, מקודם יפה במנועי החיפוש ויש בו תנועה רבה של גולשים, במידה והמבנה של האתר אינו עונה על הגדרות של עיצוב ממשק משתמש ואינו מאפשר גלישה תקינה וקלה, עלול האתר לספוג נטישות של משתמשים רבים שיסתבכו באתר ויעדיפו אתרים אחרים לצורך ביצוע פעולות שונות. מבנה נכון של אתר יכול להשפיע הן על הצגת תוצאות חיפוש טובות בתוך האתר עצמו, הן על ניווט והגעה אל דפים רלוונטיים באתר והן על ביצוע פעולות שונות באתר אשר עונות לצרכים ומגשימות את המטרות של האתר עצמו.
כאמור, החשיבות של מבנה אתר נכון הוא גם לצרכי התאמה לצרכים ולחוויית הגלישה של הלקוחות וגם לקידום נכון של האתר במנועי החיפוש השונים ולכן תהליך עיצוב אתרים נכון הוא תהליך הכולל במקביל לתשומת לב לוויזואליות של האתר גם לתשומת לב למבנה האתר.
